L'organizzazione è composta da 10 tra i più forti e pericolosi ninja del mondo, tutti Mukenin di grado S ricercati dalle autorità di tutti i villaggi. Lavorano in coppia, e pare che il loro obiettivo sia di voler conquistare il mondo, mediante il potere dei 9 demoni dalle code, chiamati Bijuu, sparsi per le 5 terre ninja. Molti di questi demoni sono imprigionati nei corpi di alcune persone, dette forze portanti, che vivono in simbiosi con il demone, utilizzando la sua forza illimitata, come nel caso dello stesso Naruto. I membri agiscono in coppia, combattendo e catturando le forze portanti, poi nel corso di un procedimento lungo tre giorni e tre notti, lo estraggono dal corpo del malcapitato, condannandolo a morte. Dai primi discorsi da parte di Pain, invece, si scopre che questo ha creato Akatsuki per creare un epoca di pace e stabilità, creando con i demoni un Jutsu in grado di distruggere un intero paese in un attimo: In questo modo tutti conosceranno il vero dolore e questo basterà per fermare ogni guerra. Dopo il periodo di pace, poi, secondo la sua visione, saranno le stesse nazioni ad utilizzare la tecnica e concludere in fretta ogni guerra con lo stesso ragionamento.
