Volume 1
Cap. 001. Naruto Uzumaki!
Cap. 002. Konohamaru!
Cap. 003. Sasuke Uchiha!
Cap. 004. Kakashi Hatake!
Cap. 005. L'imprudenza è il peggior nemico!
Cap. 006. Non succederà mai a Sasuke!
Cap. 007. La decisione di Kakashi
Naruto Uzumaki è uno Studente dodicenne del Villaggio della Foglia ed il suo sogno è quello di diventare Hokage, ovvero il ninja più potente del Villaggio ed a capo dello stesso. Nonostante tutto gli è sempre stato nascosto un terribile segreto: All'interno del suo corpo è stato sigillato lo spirito di Kyuubi, la Volpe a Nove Code, dal 4° Hokage, per salvare il Villaggio dall'attacco della creatura. Nonostante tutto per il deceduto Hokage Naruto doveva apparire come un salvatore per il Villaggio mentre invece accade il contrario: Naruto viene sempre isolato da tutti e visto male dagli adulti, i quali evitano di far giocare i propri figli con il portatore del demone. Così Naruto crebbe isolato da tutti, senza riuscirsi a spiegare il perchè di questa emarginazione. In questo contesto il protagonista viene bocciato per la terza volta all'esame per diventare Genin, aumentando ancor di più il suo dolore interno. La situazione cambia completamente quando salva Iruka Umino, Chunin e maestro dell'accademia, dall'attacco di Mizuki, traditore che aveva convinto Naruto a rubare per lui il rotolo dei Jutsu proibiti del I Hokage. Nello scontro utilizza la tecnica appresa tramite il rotolo, il Kage Bunshin No Jutsu e grazia alla sua dimostrazione di forza e coraggio riesce a guadagnarsi la promozione a Genin per mano di Iruka. Diventando effettivamente un ninja entra a far parte del Team 7 capitanato da Kakashi Hatake, comprendente Sasuke Uchiha e Sakura Haruno.

Volume 2
Cap. 008. Sarete bocciati!
Cap. 009. Il peggior cliente
Cap. 010. Il secondo
Cap. 011. Decollo!
Cap. 012. Siete tutti morti!
Cap. 013. Essere ninja!
Cap. 014. La tattica segreta!
Cap. 015. Lo sharingan rinasce!
Cap. 016. Chi sei tu?!
Cap. 017. La preparazione per il combattimento!
L'addestramento a cui Kakashi sottopone i suoi tre allievi finisce, con la promozione di tutti e tre i ninja. Iniziano quindi le prime missioni, di basso livello, rango D, finchè, per via dell'insistenza di Naruto, non riescono ad ottenere una missione di livello C. Devono scortare il signor Tazuna, costruttore di ponti, fino al suo Villaggio, nel Paese delle Acque. La missione si complica, diventando di livello B, quando gli avversari si dimostrano essere dei ninja. Contro il gruppo di Kakashi, infatti, si scontrerà Zabuza Momochi, ex Spadaccino della Nebbia, assoldato da Gatoo per uccidere Tazuna. Nel primo scontro fra Kakashi e Zabuza il primo riesce a prevalere sull'altro, mostrando il suo Sharingan, abilità unica degli Uchiha. Nonostante tutto Zabuza viene salvato da morte certa grazie ad Haku che, fingendosi ANBU, riesce a colpirlo senza ucciderlo e salvarne il corpo.

Volume 3
Cap. 018. L'inizio dell'allenamento!
Cap. 019. Il simbolo del coraggio!
Cap. 020. Il paese che aveva un eroe!
Cap. 021. L' incontro nella foresta!
Cap. 022. Un nuovo rivale!
Cap. 023. Due attacchi a sorpresa!!
Cap. 024. Velocità!
Cap. 025. In nome del sogno!
Cap. 026. L'anti-Sharingan!
Cap. 027. Il risveglio!
Kakashi, stanco per l'utilizzo del suo occhio sinistro, viene ospitato a casa della famiglia Tazuna mentre spiega ai suoi tre allievi come concentrare il Chakra sul palmo dei piedi per aderire alle superfici verticali, lasciandoli ad allenare. Quando Zabuza si riprende il Team 7 si scontra nuovamente contro il Mukenin di Kiri, stavolta utilizzando come luogo dello scontro il ponte in costruzione di Tazuna. Kakashi se la vede nuovamente con lo Spadaccino mentre Sasuke e poi Naruto con Haku. In questa occasione Sasuke sblocca il suo Doujutsu, lo Sharingan, ma, nonostante questo, viene comunque quasi ucciso.

Volume 4
Cap. 028. Nove code...!!
Cap. 029. La persona importante...
Cap. 030. Nel tuo futuro vedo...!
Cap. 031. A ognuno la sua battaglia!
Cap. 032. Uno strumento chiamato ninja
Cap. 033. Il ponte dell'eroe!
Cap. 034. Degli intrusi?!
Cap. 035. Iruka vs. Kakashi!?
Cap. 036. La malinconia di Sakura!
Naruto, rabbioso, libera il potere della Volpe a Nove Code, riuscendo così a prevalere su ogni campo nello scontro con Haku. Divenuto poi quasi normale Haku riesce a salvare in extremis Zabuza dal Raigeki di Kakashi, facendosi uccidere al posto del suo amato compagno. In questa occasione Gatoo rivela a Zabuza di non volerlo pagare e con un esercito di scagnozzi cerca di ucciderlo. Nonostante l'impossibilità ad usare le braccia Zabuza si rivela un vero demone, riuscendo a far fuori parte dei suoi avversari ed il suo stesso ex capo. Dopodichè muore, chiedendo di essere posto al fianco di Haku. Tazuna finisce il suo ponte, dandogli il nome di Naruto. Tornati a Konoha il Team 7 incontra il Team di Gaara della Sabbia, composto da questo e dal fratello e dalla sorella: Kankuro e Temari.

Volume 5
Cap. 037. Il peggior avversario!
Cap. 038. Start!
Cap. 039. Gli sfidanti!
Cap. 040. Il primo esame
Cap. 041. Il sospiro del diavolo?!
Cap. 042. A ciascuno la sua battaglia!
Cap. 043. La domanda numero dieci!
Cap. 044. I requisiti messi alla prova!
Cap. 045. Il secondo esame
Dopo la missione nel Paese delle Onde il Team di Kakashi viene iscritto all'esame di selezione dei Chunin, il quale si divide in tre prove giudate da Jonin Speciali del Villaggio. La prima prova, quella scritta, giudata da Ibiki Morino, riesce a far fuori buona parte dei partecipanti, anche se i Team di Kakashi, Kurenai, Asuma e Gai - per quanto riguarda Konoha - riescono a superarlo. La seconda prova, invece, è una prova di sopravvivenza, capitanata da Anko Mitarashi, il quale scopo è raggiungere una Torre nella Foresta della Morte dopo aver raccolto i rotoli del Cielo e della Terra, avendo solo cinque giorni di tempo.